卢建军是中国极地科学事业的重要推动者之一。1994年他成为第一批赴南极开展科学考察的中国科学家小组成员，历经18年，他在南极20多次考察任务中，首次取得了中国在南极的科学成果。此后，他先后在北极、中国科学院青藏高原、喜马拉雅山等地，组织或参加了70多项极地和高山科学研究。卢建军致力于提高中国在极地事务中的参与和作用，在2004年至2012年期间，他还担任了中国极地考察行动首席科学家。2010年，他被聘为华南师范大学生命科学学院首任院长。
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当前，中国极地科学事业正面临着前所未有的机遇和挑战，卢建军的贡献得到了广泛认可。